ToxicMassSceptic: программа для анализа масс-спектров

Прошёл год с тех пор, как не стало Алексея Навального. Ровно год назад его убили, всё ещё непонятно как и кто именно, в исправительной колонии ИК-3 на крайнем севере, в посёлке с красивым названием Харп (как говорит Википедия, с ненецкого это переводится как “северное сияние”). “Этого никому не известного блогера” отравили боевым отравляющим веществом, потом долго не выпускали на лечение, и после того, как тот решил вернуться домой, ему придумали абсолютно кафкианские обвинения (о том, что полиция не знала, где он находится, когда все в мире следили за спасением его жизни), и арестовали в аэропорту Шереметьево, попутно нарушив работу двух аэропортов (закрыв Внуково и перенаправив все рейсы в Шереметьево). А потом ещё несколько лет топла бездарных бездельников судей, прокуроров и полицейских штопали ему дело за делом, получая за это новые должности и квартиры, в то время как на их обычных непривилегированных коллег сваливалась вся настоящая и нужная работа по поддержанию правопорядка, за которую они, как водится, не получали ничего сверх положенного (а “положено” за эту работу откровенно мало).

Его пытали. Если кто-то сомневается, то неоправданно долгое содержание в ШИЗО, неоказание медицинской помощи, подселение психически-нездоровых соседей, депривация сна и прочее, что вытворяли с Алексеем Навальным в заключении – это пытки. Он не был единственным, кого пытают в российских тюрьмах, это делают и с пленными украинцами, и с политзаключёнными, и просто с обычными людьми. Часто более прямо: насилуя бутылкой шампанского или шваброй, бья током, надевая пакет на голову, и прочими вещами, которые мы обычно думаем про какие-нибудь гестапо или колумбийские наркокартели. 

Потом Алексей Навальный погиб, буквально на краю света, во время полномасштабной войны против Украины, развязанной кучкой безликих и тщеславных старикашек во главе с Путиным, захвативших власть в нашей стране, и удерживающих её уже четверть века. Навальный “внезапно погиб” как раз за несколько месяцев до обмена российских политзаключённых (политиков, журналистов, правозащитников, художников) из России на российских же убийц, шпионов и преступников пойманных за руку в разных странах мира. Тело Навального долгое время не выдавали матери, требуя похоронить тайно, угрожая в противном случае закопать его там же в колонии. Но всё же, тело отдали, и прошли самые обычные похороны в Москве: в церкви, на обычном кладбище. Только вот количество людей и полицейских было необычным. Огромные толпы людей несли цветы, стояли, скорбели. И фотография его могилы, усыпанная цветами – это истинная демонстрация того, насколько “ненужным” и “неизвестным” был “этот блогер.” Обычные похороны. Но без жены и детей Алексея, которые чисто физически не смогли присутствовать там, чтобы не стать очередными жертвами этого бесчеловечного колеса террора. 

Но Алексей Навальный был не единственным человеком, кого травили российские “власти.” До этого дважды пытались убить Владимира Кара-Мурзу младшего, по счастью, ныне обменянного и освобождённого. Пытались отравить Петра Верзилова, причём, самое абсурдное, видимо за акцию “милиционер вступает в игру” на финале Чемпионата Мира по футболу. Один из нынешних депутатов госдумы и ныне предприниматель отравили Александра Литвиненко, бывшего агента ФСБ, утверждавшего, что за взрывами домов в 1999 году стояло ФСБ. Травили и Анну Политковскую, когда она летела на переговоры с террористами в Беслане, по-видимому, чтобы не мешала штурму, в результате которого погибли 314 заложников (из них 186 детей). В итоге, конечно, Политковскую “всего-лишь” застрелили в подъезде её дома, “случаным образом” в день рождения “нашего бессменного президента,” но тем не менее и отравление тоже было. Отравили и Юрия Щекочихина, журналиста, расследовавшего “рязанский сахар.” И, как оказалось недавно, при помощи отравлений убили и активиста из Дагестана, и провластного политика, и журналиста. Ну и совсем недавно в Европе прошла волна отравлений журналисток и диссиденток. 

Да и бытовых отравлений, к сожалению, становится только больше. Печально известные концентраты боярышника, содержавшие метанол, отравление детей в московских детских садах компанией ныне убитого Евгения Пригожина, массовое отравление готовыми салатами в прошлом году, и так далее. И конечно же, экологические катастрофы. Разлив дизельного топлива в Норильске, взрыв в Нёноксе, выброс свалочного газа с полигона “Ядрово” возле Волоколамска, и нынешняя катастрофа с разливом нефтепродуктов из танкеров около Анапы. 

В большинстве случаев не удаётся оперативно установить, что же за вещество убивает и калечит людей. Часто это связано с нежеланием это делать (как в случаях с намеренными отравлениями и экологическими катастрофами), из-за чего расследование и лечение пострадавших часто бывает не самым лучшим. Чтобы как-то на это повлиять, год назад мы начали проект по созданию простенького софта с расширяемой открытой базой данных отравляющих и ядовитых веществ, чтобы анализировать данные масс-спектрометрии. Идея состоит в том, что масс-спектрометры – это достаточно распространённые приборы, которые можно найти в каждом крупном городе. Поэтому если просто взять пробы и отвезти их к такому оборудованию, можно хотя бы предварительно установить, что в них содержится, что может помочь как оперативному лечению людей, так и последующему расследованию инцидента. 

И вот наконец мы что-то сделали. Собственно, у нас есть рабочий код, рабочий метод, база данных на более, чем 350 соединений, и, самое главное, статья (точнее пока что только препринт), где это всё подробно описано. Программа написана на Питоне, ей надо только указать путь до файла со спектром в двухколоночном формате и до базы данных, после чего она вычисляет четыре метрики схожести спектра с веществами из базы, сводит все эти цифры к одной метаметрике, и на основании её выдаёт список наиболее возможных вариантов. Мы также протестировали возможность дополнения базы при помощи теоретических спектров, полученных из молдинамики, и они оказываются вполне себе приличными. 

Наш код, ToxicMassSceptic, доступен в репозитории на Gitlab: 

https://gitlab.com/madschumacher/toxicmasssceptic/

А препринт на репозитории Preprints.org:

https://www.preprints.org/manuscript/202502.0623/v1

(DOI:10.20944/preprints202502.0623.v1).

Работает, само собой не только с отравляющими и взрывчатыми веществами, но нынешняя база данных ориентирована именно на них.  

В конце хочется сказать ещё пару слов об Алексее Навальном и напомнить всем нам о его суперспособностях: умение говорить со всеми, смеяться даже в самые тёмные моменты, и никогда не унывать. И самое главное он не боялся говорить правду и идти ради неё на жертвы, даже самые большие.

Не важно кто вы: "либераха" или "ватник", христианин или мусульманин, хипстер или гопник, скуф или альтушка, рабочий на заводе или менеджер в офисе; все мы имеем право на мнение и безопасное, публичное обсуждение мыслей и взглядов. Мы все имеем право на представительство своих взглядов в парламенте, честные выборы и соблюдение наших прав и общих адекватных законов. И когда нам всем наконец-то получится услышать и понять друг друга, вот тогда 

Россия станет свободной и Россия станет счастливой!

Берегите себя!