Омикрон — что сейчас известно про новый вариант SARS-CoV-2? [сборник]

Сперва расскажу про хронологию событий. После чего разберу ответы на важные вопросы.

1. Какие мутации включает, и на что они влияют?

2. Как с помощью тестов на основе ПЦР определить омикрон?

3. Насколько эффективно передаётся и как быстро распространится по миру?

4. Повышает ли риск повторного заражения?

5. Влияет ли на тяжесть инфекции?

6. Влияет ли на эффективность вакцин от COVID-19?

7. Как скоро появятся данные из лабораторий и исследований?

Варианты названия нового потенциально опасного варианта: 21K / B.1.1.529 / omicron / Nu (старое название).

Хронология событий

— 9 ноября — получен первый образец омикрона из первого подтверждённого случая заражения новым вариантом в ЮАР [2];

— 11 ноября — получены ещё три образца омикрона у заражённых в Ботсване [4];

— 12–20 ноября — все просеквенированные геномы в провинции Гаутенг, ЮАР принадлежат варианту омикрон [1];

— 22 ноября — первый обнаруженный случай заражения омикроном в Европе, Бельгия (положительный тест был получен 22 ноября, а 26 ноября поступило подтверждение, что человек заражён омикрон-вариантом) [6].

— 23 ноября — исследователи в ЮАР удивлены огромным количеством мутаций в омикрон-варианте, сеть надзора за геномными вариантами в ЮАР (NGS-SA) организовывает экстренное совещание.

— 24 ноября — поступило первое сообщение в ВОЗ о выявлении варианта B.1.1.529 [2];

— 26 ноября — омикрон классифицировали как вариант, вызывающий обеспокоенность (ВВО) по результатам проведения экстренного совещания ВОЗ [2].

1. Мутации омикрона: гораздо больше, чем у других вариантов SARS-CoV-2.

Вариант омикрон включает в себя более 60 мутаций и делеций (по разным данным количество мутаций может немного отличаться). Среди них изменения в S-белке (35), N-белке (6), ORF1a (10), ORF1b (2), ORF9b (4), Е-белке (1) и М-белке (3). Один только S-белок у омикрона накопил в себе примерно в 3,5 раза больше изменений (35), чем в других опасных штаммах, таких как альфа (10), бета (10), гамма (12) и дельта (9) [3]. Часть мутаций уже встречались в других вариантах SARS-СoV-2. Но мы до сих пор не знаем функций всех мутаций, входящих в состав омикрона.

Некоторые изменения в омикрон-штамме, вызывающие опасения, и их предполагаемый эффект [3]:

В S-белке:

— H69-, V70- — ошибки в диагностике инфекции в одном из распространённых тестов по методу ПЦР (в тестах TaqPath) [3].

— H655Y, N679K, P681H — увеличение способности передаваться от человека к человеку (трансмиссивности);

— Q498R, N501Y — значительное повышение связывающей способности S-белка с АСЕ2.

В N-белке:

— R203K и G204R — повышенная экспрессия субгеномной РНК и увеличение вирусной нагрузки.

В ORF1b:

— L3674-, S3675-, G3676- — помогают вирусу избегать врожденного иммунного ответа.

2. Эффективность тестов для определения омикрона: частично снижена.

Один из распространённых тестов по методу ПЦР (TaqPath) не определяет S-белок в омикрон-варианте SARS-СoV-2. Это происходит из-за существенного изменения S-белка в новом варианте. Названную выше тестовую систему можно использовать для определения, заражён ли человек омикрон-вариантом или каким-то другим [4, 5].

3. Передаваемость от человека к человеку (контагиозность): возможно, повышена.

Омикрон, скорее всего, распространяется между людьми даже лучше, чем дельта-вариант.

Факты в пользу гипотезы:

— в ЮАР и Ботсване омикрон очень быстро распространяется и вытесняет другие варианты. Даже быстрее, чем в своём время распространялся дельта-вариант. Однако требуется гораздо больший набор проб вируса для подтверждения данных [5].

— в ЮАР и Ботсване растёт количество новых заражений COVID-19. Например, в провинции Гаутенг, ЮАР, где как раз был выявлен омикрон, в ноябре резко выросло количество заражённых COVID-19, особенно среди школьников и молодёжи [1]. Но пока неизвестно, вызвано ли это ростом всех заражений или в основном заражений омикрон-вариантом.

Дельта варианту потребовалось несколько месяцев для захвата доминирующей позиции в большинстве стран мира. Если предположить, что омикрон обладает улучшенными характеристиками, то в случае отсутствия важных сдерживающих факторов он может распространиться по миру ещё быстрее.

4. Уклонение от иммунитета: возможно, повышается.

Скорее всего, омикрон повышает риск повторного заражения даже чаще, чем дельта-вариант [5].

Факты в пользу гипотезы:

— Обнаружение мутаций, встречаемых в других вариантах SARS-СoV-2, которые позволили этим вариантам эффективнее уклоняться от иммунитета [3].

— Моделирование, показавшее, что омикрон может избегать Т-лимфоцитов [1].

5. Тяжесть инфекции: ещё неизвестно, увеличивается, остаётся прежней или уменьшается.

Для определения тяжести COVID-19 у заражённых омикрон-вариантом нужно от нескольких дней до нескольких недель. Ситуация осложняется ещё и тем, что в числе первых заражённых было много молодых людей, у которых инфекция протекает обычно заметно легче, чем у многих других групп населения [5].

6. Эффективность вакцин от COVID-19: ещё неизвестно, возможно, понизится в защите от заражений.

Скорее всего, омикрон-вариант сможет пробивать иммунную защиту людей даже чаще, чем дельта и другие ныне выявленные варианты вируса. Но иммунитет вакцинированных людей вряд ли полностью потеряет способность нейтрализовать омикрон [4]. Вакцины, скорее всего, всё ещё будут сильно понижать шансы развития тяжелой инфекции или летального исхода [7]. Среди зараженных омикроном были привитые различными вакцинами. Как векторными AstraZeneca и Johnson & Johnson, так и на основе мРНК Pfizer [1].

Не прививаться, не ревакцинироваться, а ждать обновления вакцин в неопределённом будущем, когда ещё толком неизвестны характеристики нового варианта, и пока люди заражаются дельта-штаммом, — не самая безопасная тактика.

7. Как скоро появятся данные из лабораторий и исследований?

По оптимистичной оценке, потребуется от нескольких дней до нескольких недель для частичных ответов на некоторые важные вопросы (не включая время на написание статей и их рецензию). И вот почему:

— Для лабораторного выращивания вируса из взятых образцов может потребоваться одна-две недели. Этот вирус нужен для того, чтобы взять образцы крови у вакцинированных и невакцинированных заражённых, и проверить способность сыворотки нейтрализовать омикрон-вариант [4].

— COVID-19 может развиваться долго. Может потребоваться от нескольких дней до нескольких недель, чтобы сравнить течение инфекции у первых зараженных омикроном.

— Нужно набрать большее количество образцов вируса для секвенирования и уточнения важных генетических данных.

А пока не стоит спешить с преждевременными выводами!

С одной стороны, появление нового опасного штамма SARS-СoV-2 было вопросом времени. Особенно в таких странах как ЮАР или Ботсвана, где лишь малый процент населения вакцинирован от COVID-19. Хотя смотря с кем сравнивать: чуть более четверти вакцинированных населения в ЮАР — это относительно неплохой показатель по сравнению с другими африканскими странами.

С другой стороны, ждали изменений от дельта-варианта, а в итоге получили новый вариант с огромным количеством новых мутаций. В то же время нам повезло, что в ЮАР есть самые современные технологии среди африканских стран для секвенирования генома вируса. Это и позволило в кратких сроки обнаружить потенциально опасный вариант [6].

Авторы: Евгений Недильский, Александр Митряшкин.

Ваша поддержка играет важную роль.
Поблагодарить за подробный разбор темы: 5536 9138 3126 6560

Источники:

1. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03552-w (25.11.21, обновление 27.11.21)

2. https://www.who.int/ru/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern (26.11.21)

3. https://covariants.org/variants/21K.Omicron (26.11.21)

4. https://www.science.org/content/article/patience-crucial-why-we-won-t-know-weeks-how-dangerous-omicron (27.11.21)

5. https://www.who.int/ru/news/item/28-11-2021-update-on-omicron (28.11.21)

6. https://www.nytimes.com/live/2021/11/28/world/covid-omicron-variant-news (28.11.21).

7. https://www.bmj.com/content/375/bmj.n2943 (29.11.21)