Молекулярно-генетическая характеристика рекомбинантных форм вируса иммунодефицита человека 1 типа, выявленных на территории Республики Беларусь - Биология и естествознание дипломная работа
Главная
Биология и естествознание
Молекулярно-генетическая характеристика рекомбинантных форм вируса иммунодефицита человека 1 типа, выявленных на территории Республики Беларусь
Организация генома и кодируемые белки вируса иммунодефицита человека. Транскрипция провирусной дезоксирибонуклеиновой кислоты и синтез вирусных веществ. Анализ получения сыворотки и плазмы крови. Характеристика референсных сиквенсов и электрофореграмм.
посмотреть текст работы
скачать работу можно здесь
полная информация о работе
весь список подобных работ
Нужна помощь с учёбой? Наши эксперты готовы помочь!
Нажимая на кнопку, вы соглашаетесь с
политикой обработки персональных данных
Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.
Размещено на http :// www . allbest . ru /
«РЕСПУБЛИКАНСКИЙ НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКИЙ ЦЕНТР ЭПИДЕМИОЛОГИИ И МИКРОБИОЛОГИИ»
МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РЕКОМБИНАНТНЫХ ФОРМ ВИРУСА ИММУНОДЕФИЦИТА ЧЕЛОВЕКА 1 ТИПА, ВЫЯВЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ РЕСПУБЛИКИ БЕЛАРУСЬ
Связь работы с крупными научными программами и темами
Тема диссертационного исследования и научный руководитель были утверждены приказом директора РНПЦ эпидемиологии и микробиологии от 29.12.2012№ 56.
Исследования были выполнены в государственном учреждении «Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии» по заданию 02.16 «Разработать диагностическую тест-систему для определения мутаций резистентности ВИЧ-1» (2013-2015гг., № госрегистрации 20115329 от 16.12.2011); по заданию 01.08 «Разработать и внедрить в практику здравоохранения систему молекулярно-эпидемиологического мониторинга за ВИЧ/СПИД, подготовить и внедрить контрольную панель сывороток крови на основе преобладающих в Беларуси субтипов ВИЧ-1» (2011-2013 гг., № госрегистрации 20115334 от 16.12.2011) в рамках выполнения ГНТП «Новые технологии диагностики, лечения и профилактики», подпрограмма «Инфекции и микробиологические нанотехнологии»; по заданию 4.14 «Разработать тест-систему ПЦР на основе консенсусных последовательностей гена pol для диагностики и генотипирования ВИЧ-1» в рамках выполнения Подпрограммы 1 «Инновационные биотехнологии в Республике Беларусь», МЦП ЕврАзЭС «Инновационные биотехнологии» на 2014-2015 гг.
Цель исследования: дать молекулярно-генетическую характеристику рекомбинантных форм ВИЧ-1, выявленных на территории Республики Беларусь.
1. Провести молекулярно-генетический скрининг ВИЧ-1, выявленного на территории Беларуси за период 2008-2015 годов.
2. Определить спектр и распространенность рекомбинантных форм ВИЧ-1 в популяции ВИЧ-инфицированных пациентов, проживающих на территории Республики Беларусь.
3. Установить филогенетические связи выявленных рекомбинантных форм ВИЧ-1, определить направления заноса вирусов на территорию страны, выявить мутации резистентности к антиретровирусным препаратам.
4. Изучить структуру полноразмерного генома новой уникальной рекомбинантной формы ВИЧ-1 и установить ее происхождение.
1. Установлено, что на территории Рес публики Беларусь за период 2008-2015 гг. доминировал ВИЧ-1 субтипа А1, на который приходилось 90,7%. Кроме субтипа А1 выявлено 15 случаев ВИЧ-инфекции (4,9%), вызванных рекомбинантными формами ВИЧ-1, 9 случаев (3,0%) - субтипом В, и по 2 случая (0,7% каждый) - субтипами C и G.
2. Впервые на территории Республики Беларусь в популяции ВИЧ-инфицированных пациентов определен спектр рекомбинантных форм ВИЧ-1, выявлено три типа циркулирующих рекомбинантных форм ВИЧ-1: CRF03_AB - 8 (2,6%), CRF02_AG - 4 (1,3%), CRF06_cpx - 2 (0,7%), и одна уникальная рекомбинантная форма ВИЧ-1 (0,3%).
3. Установлены многократные случаи заноса циркулирующих рекомбинантных форм ВИЧ-1 на территорию Беларуси: CRF03_AB - занесена в результате шести независимых событий, два из которых привели к дальнейшему распространению CRF03_AB уже на территории страны, CRF02_AG - занесена в результате трех событий, в двух случаях происхождением вируса является территория Западной Африки и в одном случае две CRF02_AG (ВИЧ-инфицированные мать и ее ребенок) происходят из Узбекистана, две CRF06_cpx были занесены в результате одного события - родственны ВИЧ-1, описанному на территории Эстонии.
4. Впервые секвенирован и описан полноразмерный геном уникальной рекомбинантной формы ВИЧ-1 Mos. Установлено, что ее геном имеет мозаичную структуру и состоит из ВИЧ-1 субтипов А1 (~80%) и В (~20%), встраивание субтипа В произошло в структурных генах gag и pol . Метод кластерного филогенетического анализа показал, что фрагменты субтипов А1 и В относятся к вариантам ВИЧ-1 AFSU и BFSU, получившим распространение на территории стран бывшего СССР.
1. На территории Рес публики Беларусь за период 2008-2015 гг. доминировал ВИЧ-1 субтипа А1, на который приходилось 90,7% (207 из 303) проанализированных сиквенсов ДНК по участку гена pol . Рекомбинантные формы ВИЧ-1 по частоте встречаемости находись на втором месте - 4,9% (15) от всех проанализированных последовательностей ДНК: CRF03_AB - 8 (2,6%), CRF02_AG - 4 (1,3%), CRF06_cpx - 2 (0,7%), и в одном случае (0,3%) выявлена уникальная рекомбинантная форма ВИЧ-1 между субтипами A1 и B. Выявлено 9 случаев (3,0%) ВИЧ-инфекции, вызванной субтипом В, и по 2 случая (0,7% каждый), вызванных субтипами С и G ВИЧ-1 соответственно.
2. Рекомбинантные формы ВИЧ-1 занесены на территорию Республики Беларусь в результате множественных событий. Наиболее часто встречаемая рекомбинантная форма CRF03_AB занесена в результате шести независимых событий, вероятнее всего, с территорий России и Литвы. Два события привели к дальнейшему распространению CRF03_AB уже на территории страны. Рекомбинантная форма CRF02_AG занесена на территорию страны из трех независимых источников: в двух случаях вирус происходит с территории Западной Африки, в одном случае две CRF02_AG (ВИЧ-инфицированные мать и ее ребенок) - с территории Узбекистана. Две CRF06_cpx занесены на территорию Беларуси в результате одного события, вероятнее всего, из Эстонии.
3. Новая уникальная рекомбинантная форма ВИЧ-1 Mos является результатом рекомбинации ВИЧ-1 субтипов А1 и В, встраивание фрагментов генома субтипа В произошло в структурных генах ВИЧ-1 gag и pol . На долю ВИЧ-1 субтипа А1 приходится порядка 80% генома УРФ ВИЧ-1 Mos, на субтип B - 20%. Геном ВИЧ-1 Mos состоит из фрагментов геномов ВИЧ-1 AFSU/BFSU, получивших распространение на территории стран бывшего СССР, и не является рекомбинантной формой CRF03_AB.
Личный вклад соискателя ученой степени
Научным руководителем предложен ы тема диссертационной работы и ее методическое решение. Соискатель самостоятельно определил цель и задачи исследования, выбор методов и объем исследований. Автор лично выполнил первичную обработку исследуемого материала (сыворотки и плазмы крови), полученного от ВИЧ-инфицированных пациентов, получил сиквенсы участка генов gag - pol исследуемых образцов, создал электронную базу данных для внутрилабораторного хранения и учета информации о пациентах. Диссертант полностью провел филогенетический анализ и молекулярно-генетические исследования рекомбинантных форм ВИЧ-1, выявленных на территории Республики Беларусь, установил их структуры геномов, профили резистентности, а также происхождение и распространение на территории страны. Автором пополнена международная база данных Genbank 241 нуклеотидной последовательностью ВИЧ-1 областей генов gag - pol и 1 полноразмерным геномом ВИЧ-1 субтипа А1. На основании проведенных исследований получен патент на новую уникальную рекомбинантную форму ВИЧ-1 Mos № 18124 [31-A] (вклад соискателя - 30%).
Основные научные результаты представлены в статьях с долей личного участия соискателя соответственно: [1-A, 2-A] - 50%, [3-A] - 30%, [4-A] - 70%, [5-A] - 50%, [6-A, 7-A] - 10%, [8-A] - 70%, [9-A, 10-A] - 10%, [11-A] - 30%, [12-A] - 80% (в среднем 39%); в материалах научных форумов и тезисах докладов [13-A, 14-A] - 30%, [15-A] - 30%, [16-A, 17-A] - 20%, [18-A] - 70%, [19-A] - 30%, [20-A-22-A] - 10%, [23-A] - 70% (в среднем 30%); в сборниках рецензируемых научных трудов [24-A-28-A] - 20% (в среднем 20%). На основании проведенных исследований утверждены 2 инструкции по применению: по генотипированию и определению мутаций резистентности в геноме ВИЧ-1 [29-A, 30-A] (вклад соискателя 30%).
Апробация диссертации и информация об использовании ее результатов
Основные положения работы были доложены и обсуждены на конференции «Основы инфек ционной патологии человека» (30-31 октября 2014 г., г. Минск, Беларусь); на 12 ежегодной конференции Балтийской Антивирусной Сети «Вирусные инфекции регионального значения» (3-5 октября 2015 г., г. Москва, Россия); мини-симпозиуме «Молекулярная эпидемиология ВИЧ-1 и вирусных гепатитов в Балтийском регионе» (19-21 марта 2015 г., Каролинский Институт, г. Стокгольм, Швеция). Результаты проведенных исследованийбыли использованы при созданииотечественной диагностической тест-системы для определения мутаций резистентности и генотипирования ВИЧ-1 «Бел ВИЧ-1 резистентность-генотип» - регистрационное удостоверение № ИМ-7.103886, для создания контрольной панели «Панель контрольная сывороток крови, содержащих и не содержащих антитела к специфическим белкам ВИЧ-1 и ВИЧ-2 и антигены ВИЧ-1» - регистрационное удостоверение № ИМ-7.102188.
Опубликование результатов диссертации
Результаты диссертационной работы опубликованы в 31 научной работе, из них 12 - статьи в журналах, включенных в перечень научных изданий ВАК (объем 5,9 авторских листа), 11 - в материалах научно-практических конференций (объем 3,3 авторских листа), 5 - в сборниках рецензируемых научных трудов (1,1 авторских листа), 2 - в инструктивно-методических рекомендациях, 1 - патент. Общий объем публикаций составляет 10,3 авторских листа.
Диссертационная работа состоит из введения, общей характеристики работы, обзора литературы, главы, посвященной описанию материалов и методов исследований, 3 глав результатов собственных исследований, заключения, библиографического списка (190англоязычных и 7 русскоязычных источников), списка работ соискателя, 5 приложений. Работа изложена на 137 страницах, содержит 18 таблиц и 38 рисунков.
Таблица 1.1. - Продукты генов ВИЧ-1и их основные функции
Протеолитическое расщепление g ag и p ol
Регулятор экспрессии вирусных белков
Регуляция продукции вирусной мРНК, экспорт несплайсированной РНК
Содействует созреванию и инфективности вириона
Усиливает репликацию вируса, обеспечивает ядерную локализацию преинтеграционного комплекса
Усиливает высвобождение вирионов из клетки, снижает экспрессию CD4- и ГКГ 1-типа
На 5'- и 3'-концах вирусной РНК находятся длинные концевые повторы (long terminal repeat, LTR), обеспечивающие инициацию, регуляцию и терминацию транскрипции, регуляцию упаковки генома в капсид и некоторые другие функции.
Вирусы как первая форма жизни на Земле и возбудители болезней. Предыстория их открытия. Схема проведения биологического эксперимента. Строение вируса и бактериофага. Виды вирусных заболеваний человека. Жизненный цикл вируса иммунодефицита человека. презентация [690,1 K], добавлен 27.02.2011
Вирус иммунодефицита человека — ретровирус из рода лентивирусов, вызывающий медленно прогрессирующее заболевание — ВИЧ-инфекцию. Схематическое строение вируса. Проникновение ВИЧ в клетку человека. Транспорт вирусной ДНК в ядро и интеграция в геном. презентация [20,6 M], добавлен 03.05.2017
Латенция и вирогения как типы взаимодействия вируса с клеткой. Процесс адсорбции вируса и его проникновения в клетку, синтез вирусных белков. Этапы созревания дочерних вирусных частиц, способы их выхода из клетки, общие принципы сборки вирионов. реферат [18,6 K], добавлен 29.09.2009
Состав крови человека. Транспорт газов, питательных веществ и конечных продуктов метаболизма. Поддержка водного баланса в организме. Структура защитной системы. Клетки крови: эритроциты, лейкоциты, тромбоциты. Белки плазмы крови: образование, разрушение. презентация [322,4 K], добавлен 17.03.2013
Схема строения булавовидного бактериофага. Жизненный цикл вируса на примере ортомиксовирусов, к которым относятся вирусы гриппа А, В и С типов. Описание вирусов иммунодефицита человека (ВИЧ), вызывающего СПИД, табачной мозаики, герпеса 8 типа, гриппа. презентация [864,8 K], добавлен 07.09.2010
Генетическая терминология, организация генома вирусов, понятие о лизогенном и литическом цикле. Особенности генома и жизненного цикла ретровирусов, геном бактерий. Современные представления о геноме человека: теоретические и практические аспекты. презентация [125,3 K], добавлен 04.04.2011
Содержание воды в организме человека. Кровь как разновидность соединительных тканей. Состав крови, ее функции. Объем циркулирующей крови, содержание веществ в ее плазме. Белки плазмы крови и их функции. Виды давления крови. Регуляция постоянства рН крови. презентация [593,9 K], добавлен 29.08.2013
Работы в архивах красиво оформлены согласно требованиям ВУЗов и содержат рисунки, диаграммы, формулы и т.д. PPT, PPTX и PDF-файлы представлены только в архивах. Рекомендуем скачать работу .
© 2000 — 2021
Молекулярно-генетическая характеристика рекомбинантных форм вируса иммунодефицита человека 1 типа, выявленных на территории Республики Беларусь дипломная работа. Биология и естествознание.
Реферат: Понятие и виды банковских счетов
Реферат: Бюджетный процесс в России 2
Сочинение Растения В Интерьере Жилого Дома
Сочинение На Тему Добрые Дела
Реферат: Проектирование структуры управления туристской организации
Реферат по теме Технология автоматической сварки под флюсом
Курсовая Работа На Тему Пристрій Мікропроцесорної Обробки Аналогової Інформації
Курс Лекций На Тему Этика Эпохи Возрождения
Курсовая работа по теме Производство полуфабрикатов из мяса птицы
Конструктор Мини Сочинений По Обществознанию
Курсовая работа: Линейное программирование как метод оптимизации
Курсовая работа по теме Обоснование и расчёт отряда технической службы
Практическая Работа На Тему Расчет Физических Свойств Ионосферы
Реферат: Коммунистическая партия Турции 1920
Методичка По Написанию Диссертации
Жизнь И Деятельность Ярослава Мудрого Реферат
Срочно Курсовая Работа
Амортизация Курсовая По Экономике Организации
Мини Сочинение На Тему Земля Наш Дом
Дипломная работа: Формирование умственного приёма сравнения у младших школьников в процессе решения разноуровневых упражнений по математике
Химически опасные объекты РФ, аварии на них - Безопасность жизнедеятельности и охрана труда контрольная работа
Борошнисторосяні гриби околиць села Чорнівка - Биология и естествознание научная работа
Системы и средства безопасности, предотвращение аварий на морских месторождениях, терминалах и трубопроводах - Безопасность жизнедеятельности и охрана труда курсовая работа