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Scope: Self
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Amount: Brief
Quick
GEO accession:
cell type: ovarian cancer cell lines
Cancer cells (1 × 106) were seeded on poly(2,4,6,8-tetravinyl-2,4,6,8-tetramethyl cyclotetrasiloxane) (pV4D4)-coated plates and cultured in RPMI-1640, Dulbecco’s Modified Eagle Medium (DMEM) or Minimal Essential Medium (MEM), as appropriate, containing 10% (v/v) serum replacement (SR; Gibco), 1% (v/v) penicillin/streptomycin (P/S; Gibco), and L-glutamine at 37°C in a humidified 5% CO2 atmosphere. For optimum spheroid growth, culture medium was refreshed every 2–3 days.
DNase-treated mRNA was purified using Magnetic mRNA Isolation Kit (NEB), and subjected to library preparation using NEXTflex™ Rapid Directional mRNA-Seq Kit (BIOO) following the manufacturer’s instructions. mRNA-seq libraries were made using NEXTflexTM Rapid RNA-Seq kit (cat. 5138) from isolated mRNA.
Prepared libraries were sequenced on a HiSeq2500 with single-end method (50-bp reads). The sequenced reads were aligned to the human genome (version: Hg19) using the STAR aligner (v.2.4.0) The number of mapped reads was further analyzed using HOMER and DESeq Genome_build: Hg19 Supplementary_files_format_and_content: RNA-seq : tab-delimited text files include RPKM values for each Sample
A facile method for generating tumorigenic cancer stem cell spheroids from diverse cancer cell lines
Supplementary data files not provided
Processed data are available on Series record
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