COVID-19 [сборник]
Евгений Недильский (Конспекты Юджина)🔵 Новый рекорд: SARS-CoV-2 находился в организме человека 2 года и 1 месяц, вызывая всё это время симптомы COVID-19
Почему это важно? Описан самый длительный из всех известных случаев заражения SARS-CoV-2 — 2 года и 1 месяц (776 дней).
1. История болезни
Заразился ещё в начале пандемии. 41-летний мужчина со СПИДом из изолированной сельской местности в Южной Каролине (США), где нет канализации, заразился SARS-CoV-2 в мае 2020 года от человека с подтверждённым COVID-19.
Респираторные симптомы были в течение всего времени заражения. У небольшого числа людей вирус остаётся в организме несколько месяцев, при этом человек чувствует себя нормально и ничего не замечает. Но у этого пациента вирус на протяжении всего времени вызывал кашель и одышку.
Мужчину госпитализировали 5 раз. В публикации раскрыты причины только первой госпитализации — из-за кашля, боли в горле, одышки и потери веса.
Заражённого не лечили ни от COVID-19, ни от ВИЧ. В публикации сказано, что он не получал ни антиретровирусную терапию, ни препараты против SARS-CoV-2. Спустя 26 месяцев носительства коронавируса мужчина умер, но не от COVID-19.
2. Мутации
За два года у SARS-СoV-2 появлялось 68 мутаций, которые в разные моменты времени становились доминирующими в популяции вируса внутри этого человека. Но они постоянно заменяли друг друга: одни исчезали, другие появлялись. Только 18 мутаций оставались стабильными на всём протяжении всей инфекции. Ещё было обнаружено 67 мутаций, которые присутствовали только у некоторых вирусных частиц. Внутри организма заражённого одновременно существовали как минимум две разные подгруппы вируса, отличные по мутациям. Скорость накопления новых изменений у вируса была примерно такой же, как и в популяции.
Появилось 10 изменений, как у омикрона, причём до его распространения. Пока этот человек был заражён, в шипе вируса встречалось 6 точно таких же мутаций, как и у омикрона. И ещё 4 изменения, которые произошли на точно тех же позициях, что у омикрона, но отличались заменой аминокислоты (например, у пациента — E484K, у омикрона — E484A). И вот что интересно: 9 из 10 возникли ещё до того, как начал распространяться омикрон, до ноября 2021 года. Это говорит о том, что вирус у разных людей и в разных условиях может эволюционировать похожим образом.
Мужчина вряд ли кого-то заражал. SARS-CoV-2 хорошо приспособился к жизни внутри организма этого инфицированного и, гипотетически, из-за этого утратил свою способность легко заражать других людей. Учёные проверили 8 миллионов геномов SARS-CoV-2 в базах данных и не нашли потомков варианта вируса этого заражённого. Поэтому он вряд ли виновник распространения опасных вариантов вируса.
Исследование в The Lancet Microbe (21.07.25)
🔵 С помощью генетики вряд ли получится определить, откуда произошёл SARS-CoV-2. И вот почему
1. Первых данных слишком мало. Известно о 174 первых подтверждённых случаях заражения SARS-CoV-2 в декабре 2019 года. Но геномные данные доступны только от 13 заражённых.
2. В первых данных есть сильный перекос. 92% от первых заражённых, у которых изучили геномы вируса (12 из 13), относятся к оптовому рынку морепродуктов Хуанань. Но связаны с ним были только 33% из первых случаев заражений.
3. Методы показывают разные результаты. Используются два основных метода, чтобы понять, с какого варианта SARS-СoV-2 началось распространение вируса среди людей:
• сравнение с родственными вирусами у летучих мышей (outgroup-based rooting);
• анализ образцов вируса, которые взяли у первых заражённых (date-based rooting).
Эти методы дают разные результаты: обнаруженные варианты вируса у первых заражённых отличаются от тех вариантов, которые больше всего похожи на вирусы летучих мышей.
Заключение: не стоит делать (и ждать) категоричные выводы о том, где и как возник SARS-CoV-2, только на основании имеющихся сейчас филогенетических данных.
Как нельзя интерпретировать исследование. Публикация по ссылке ниже никак не подкрепляет гипотезу о лабораторной утечке! Автор в тексте работы ничего подобного не пишет. Он поясняет, что у нас неполная, искажённая и выборочная генетическая информация, поэтому одной филогенетики недостаточно для выводов.
Molecular Biology and Evolution (09.06.25)
🟢 Гипотеза: препарат от аллергии азеластин может быть эффективен против COVID-19 и ОРВИ. Но выводы делать рано!
Тип исследования: двойное слепое рандомизированное плацебо-контролируемое фазы 2.
Выборка: 450 человек (227 — азеластин, 223 — плацебо); 66% женщины; средний возраст 33 года.
Что делали? Спрей азеластина (0,1%) применяли по одному впрыску в каждую ноздрю 3 раза в день в течение 2 месяцев (56 дней).
Результаты. Добровольцы, использующие спрей с азеластином:
• в 3 раза реже болели COVID-19: 5 из 227 (азеластин) против 15 из 223 в группе плацебо.
• в 2 с лишим раза реже болели другими ОРВИ: 21 (азеластин) против 49 случаев (плацебо).
Важно: размер выборки слишком мал, чтобы спешить с выводами! Ещё за пандемию COVID-19 уже были положительные результаты по препаратам, которые затем оказались ошибочными. Данных точно недостаточно для рекомендаций! Ждём 3-ю фазу исследования.
[РКИ 2-й фазы в JAMA Internal Medicine]
🟢 Тест на ДНК, который оценивает вероятность того, насколько эффективна сработает вакцина
Реакция на вакцину зависит не только от возраста или пола, но и от особенностей ДНК. В свежем исследовании определили, что наличие двух конкретных генетических вариантов (инделов) связано с более слабым иммунным ответом на вакцину. Иначе говоря, есть вероятность, что по анализу ДНК можно будет заранее выявить людей, которые будут хуже других защищены после вакцины. Его уже проверили на вакцине от COVID-19, может быть, подход сработает и для других вакцин [iScience (https://www.cell.com/iscience/fulltext/S2589-0042(25)01736-5)].
🟢 За последнее время произошёл третий мощный скачок в эволюции SARS-СoV-2 — BA.3.2
• Первый произошёл в конце 2021 года, когда начал распространяться омикрон.
• Второй — в июле 2023 года, когда начал распространяться сильно мутировавший потомок омикрона — BА.2.86 («пирола»). Его потомок JN.1 стал доминировать во всём мире в 2024 году.
• Третий — начался в конце 2024 года, с появлением BА.3. В ноябре 2024 года и январе 2025 года он был обнаружен в ЮАР. А в апреле 2025 года его потомок BА.3.2 обнаружен в Нидерландах.
BА.3.2 содержит более 50 мутаций, хуже проникает в клетки лёгких, но гораздо лучше, чем предыдущие варианты, уклоняется от антител. На практике это значит, что есть вероятность новой волны заражений в основном с лёгким течением COVID-19.
🟠 Новый вариант SARS-CoV-2 — NB.1.8.1, потомок JN.1, быстро распространяется по Азии и уже обнаружен в Европе (в Великобритании), он вытесняет ныне доминирующий LP.8.1 и довольно хорошо обходит иммунный ответ [BMJ: News].
🟠 JN.1 легче заражает животных, чем предыдущие варианты SARS-CoV-2 (например, BA.2.86) в первую очередь из-за мутации L455S в S-белке. Он может распространяться не только от людей к животным, но и обратно [iScience].
🔘 Вакцины на основе мРНК SARS-CoV-2 повышают чувствительность опухолей к блокаде иммунных контрольных точек[Nature] (22.10.25)
+
Люди с некоторыми видами рака живут дольше после вакцинации от COVID [Nature: News] (22.10.25)
+
Неожиданный бонус от вакцин от COVID-19: усиление эффективности лечения рака [Science: News] (20.10.25)
🔘 Эффективность ингаляционного нефракционированного гепарина для предотвращения интубации или смерти у госпитализированных пациентов с COVID-19: международное метаисследование рандомизированных клинических исследований, инициированное исследователем [eClinicalMedicine] (27.09.25)
🔘 Обновление клинических рекомендаций Американского общества инфекционистов по лечению и ведению пациентов с COVID-19 (2025 г.): абатацепт [Clinical Infectious Diseases] (09.09.25)
🔘 Назальный спрей азеластин для профилактики инфекций SARS-CoV-2: рандомизированное клиническое исследование фазы 2 [JAMA Internal Medicine] (02.09.25)
🔘 Почему ученые переосмысливают иммунные эффекты SARS-CoV-2 [BMJ: News] (19.08.25)
🔘 Обратная сторона эволюции: как адаптация SARS-CoV-2 при ВИЧ выявила природный предохранитель [The Lancet Microbe] (05.08.25)
🔘 Глобальные оценки жизней и лет жизни, спасённых благодаря вакцинации от COVID-19 в 2020–2024 годах [JAMA Health Forum] (25.07.25)
+
Вакцинация от COVID-19 спасла жизни, и это важно в 2025 году [JAMA Health Forum: Comment] (25.07.25)
+
Жизни и годы жизни, спасенные благодаря вакцинам от COVID-19 [Science: Adviser] (30.07.25)
🔘 Метформин и время до достижения устойчивого выздоровления у взрослых с COVID -19 [РКИ в JAMA Internal Medicine] (14.07.25)
🔘 SARS-CoV-2 вызывает накопление пептидов, связанных с болезнью Альцгеймера, в сетчатке [Yale] (11.07.25)
🔘 Теория заговора и недоверие к правительству предсказывают отказ от вакцины от COVID-19 [Humanities and Social Sciences Communications] (04.07.25)
🔘 Отслеживание эволюционного пути SARS-CoV-2 с помощью анализа секвенирования РНК [Scientific Reports] (04.07.25)
🔘 Возрастные иммунные реакции на SARS-CoV-2 дают представление о популяционном иммунитете за четыре года с момента пандемии COVID-19 [Scientific Reports] (02.07.25)
🔘 Краткосрочные и долгосрочные результаты лечения детей и подростков, госпитализированных с COVID-19 или гриппом: результаты исследования AUTCOV [Scientific Reports] (02.07.25)
🔘 Ранний врожденный иммунный ответ и эволюция неактивного варианта участка расщепления фурина SARS-CoV-2 в клетках летучих мышей [Cell Reports] (01.07.25)
🔘 Систематический обзор состояния после COVID в исследованиях на основе регистров населения стран Северной Европы [Nature Communications] (01.07.25)
🔘 Экспертная группа ВОЗ поддерживает идею естественного происхождения вируса COVID-19, но осуждает отсутствие доказательств [Science: News] (27.06.25)