Биоинформатик-исследователь

Расскажите, как вы попали в эту сферу, с чего начинали?

Вообще по образованию я биолог, выпускалась с кафедры генетики, причем генетикой я хотела заниматься сколько себя помню — как только законы Менделя начали проходить в школе. А вот уже в бакалавриате, занимаясь молекулярной биологией, я открыла для себя биоинформатику и решила поступить на это направление в магистратуру. Там научилась основам программирования и обработке данных. Начинала с небольших учебных проектов: разбирала открытые датасеты, училась запускать простые пайплайны на Python и bash, осваивала базовые биоинформатические инструменты. Со временем поняла, что мне не хватает знаний о том, как же полученные результаты интерпретировать — тогда я подалась на летнюю школу ЦЖС МФТИ. Программа была довольно интенсивная и предоставила мне много полезных знаний, а преподаватели оценили мои аналитические способности и пригласили в команду. Теперь я применяю свои знания и умения для решений реальных задач на нынешнем месте работы.

 В чём заключается ваша работа?

Моя работа — анализ генетических данных: я обрабатываю и интерпретирую омиксные данные, в основном геномные, ищу закономерности, которые могут объяснить механизмы заболеваний или помочь в диагностике. Например, анализирую данные полногеномного секвенирования, чтобы найти патогенные варианты, собираю базы данных, готовлю отчёты для врачей и исследователей. Часто приходится адаптировать готовые пайплайны под конкретные задачи или писать небольшие скрипты для автоматизации.

Что в работе приносит вам радость и удовлетворение?

Больше всего радует разнообразие задач — лаборатория занимается проектами на стыке фундаментальной науки и прикладных исследований. Мне нравится сочетать работу над большим исследованием, за которым последует написание статьи, с задачами по улучшению диагностики на основе данных секвенирования. Ещё приятно видеть, как моя работа помогает другим: врачам — в диагностике, учёным — в исследованиях. И конечно нравится, что сфера постоянно развивается: каждый проект учит чему‑то новому.

Какому человеку может подойти такая работа?

Биоинформатика — довольно широкая сфера: я работаю в области биомедицины и мой основной объект изучения — человек. Однако инструменты и знания, которые используются в биоинформатике, могут быть применены к совершенно разным задачам — от создания новых лекарств (drug design) до изучения биоразнообразия различных биотопов. Поэтому я бы сказала, что биоинформатика подойдёт тому, кто увлечен своим направлением, будь то биология, химия, медицина, но при этом готов работать с большими объемами данных, любит логику, готов искать взаимосвязи и не боится решения сложных задач. К программистам это также относится! Знаю очень много коллег, которые перешли из ИТ компаний в биоинформатику, потому что чувствуют прямую пользу от своей работы в улучшении жизни человека и мира вокруг. Важны усидчивость, внимание к деталям и готовность постоянно учиться: технологии и методы быстро обновляются, особенно с развитием ИИ.

Что нужно знать и уметь?

Нужны базовые знания молекулярной биологии (как устроены ДНК/РНК, как работает экспрессия генов, основы генетики и эпигенетики) и понимание принципов NGS секвенирования. Из технических навыков — уверенное владение Python или R, умение работать в командной строке (CLI) linux, навыки работы с файлами и форматами биоинформатических данных. Полезно знать, как пользоваться основными базами данных, а также иметь представление о том, как устроены пайплайны анализа. Английский язык тоже важен, так как большая часть документации и статей на нём.

Что можно сделать уже сейчас, чтобы студент или молодой специалист мог стать ближе к этой сфере?

Если есть базовые знания молекулярной биологии, то начать можно с практики: пройти онлайн‑курсы по основам биоинформатики, потренироваться на открытых данных (например, из GEO или SRA), а лучше поучаствовать в летней школе — помимо практики будет возможность разобрать интересующие вопросы с опытными коллегами, а также приобрести полезные знакомства среди преподавателей и других студентов. Такое полное погружение не только поможет посмотреть на биоинформатику с разных сторон, но и понять, насколько это интересно для вас.