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当样品溶液通过亲和层析柱时，待分离的生物分子与配体特异性结合，留在固定相上；而其他杂质不能与配体结合，仍在流动相中，随洗脱液流出，因此只有待分离的生物分子在列中。
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一种是注意加工精度，使底隙减少到3毫米左右；另一种是将主轴与壳体之间做成位置可调整的形式，根据磨损量可经常调整螺旋带与壳体之间的间隙。
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