Lineage

< Lineage < Hidden Link


< Mirror #01 < Hidden Link






















































Все более распространенным компонентом исследований в области синтетической и системной биологии является анализ динамики экспрессии генов на уровне отдельных клеток, который сильно зависит от использования кинофильмов с замедленной съемкой. Извлечение количественных данных о динамике отдельных клеток из таких фильмов остается серьезной проблемой. Здесь мы описываем новые методы автоматизации ключевых этапов анализа одноклеточных, флуоресцентных изображений - сегментации и реконструкции линии - для распознавания и отслеживания отдельных клеток с течением времени. Автоматический анализ итеративно сочетает в себе набор расширенных морфологических методов сегментации и использует метод скоринга по соседству для привязки линии к кадру. Наши исследования с бактериями, почкованием дрожжей и клеток человека демонстрируют переносимость и практичность этих методов, будь то использование фазы, яркого поля или флуоресцентных изображений. Эти примеры также демонстрируют полезность нашего комплексного подхода для облегчения анализа инженерных и естественных сетей сотовой связи в различных условиях. Автоматизированные методы реализуются в свободно доступном программном обеспечении с открытым исходным кодом.