Дольше, чем испанские коммунисты, вооруженную борьбу против режима Франко продолжали испанские анархисты.
В 1949-1950 гг. анархо-синдикалистские партизанские отряды провели большое количество вооруженных вылазок против франкистского режима, однако полицейские репрессии привели к тому, что в 1953 г. и испанские анархо-синдикалисты принимают решение о необходимости свертывания партизанской борьбы во избежание дальнейшей эскалации насилия полицейских структур против оппозиции и мирного населения. Тем не менее, именно анархистскими группами эстафета антифранкистского партизанского движения была донесена с конца 1940-х гг. до середины 1960-х гг. В 1950-е — начале 1960-х гг. на территории Испании действовали контролировавшиеся анархистами партизанские отряды Хосе Луиса Фасериаса, Рамона Вилы Капдевилы, Франсиско Сабате Лиопарта.
Хосе Луис Фасериас был участником Гражданской войны в Испании и воевал в составе колонны Аскасо на Арагонском фронте, а Рамон Вила Капдевила воевал в составе Железной колонны Буэнавентура Дуррути, действовавшей под Теруэлем. В 1945 г. начала свою деятельность группа Франсиско Сабате, более известного как «Кико». Несмотря на свои анархистские убеждения, Франсиско Сабате выступал за развертывание широкого межпартийного фронта сопротивления франкистской диктатуры, в который, по мнению партизанского командира, должны были войти Федерация анархистов Иберии, Национальная конфедерация труда, Рабочая партия марксистского единства и Испанская социалистическая рабочая партия. Однако с коммунистами и близкими к ним каталонскими социалистами Сабате сотрудничать не собирался, поскольку считал просоветскую компартию виновной в поражении республиканских сил в годы Гражданской войны в стране и в последующем «спускании на тормозах» революционного движения в Испании.
Партизанские отряды Сабате, Фасериаса и Капдевилы функционировали практически до 1960-х гг. 30 августа 1957 г. в перестрелке с полицейскими закончился жизненный путь Хосе Луиса Фасериаса, а 5 января 1960 г., также в столкновении с полицией, погиб Франсиско Сабате. Рамон Вила Капдевила погиб 7 августа 1963 года, а 10 марта 1965 года был убит последний партизанский командир коммунист Хосе Кастро. Таким образом, фактически партизанское движение в Испании просуществовало до 1965 года — лишь спустя двадцать лет после конца Второй мировой войны франкистским спецслужбам удалось подавить последние очаги сопротивления, зародившегося еще в середине 1940-х гг. Однако эстафета антифранкистского сопротивления была принята молодым поколением испанских антифашистов и республиканцев.
Еще в 1961 г. на конгрессе анархистской организации «Иберийская федерация либертарной молодежи» было принято решение о создании вооруженной структуры — «Внутренней защиты», на которые возлагалась функция по сопротивлению франкистскому режиму вооруженным путем. В июне 1961 г. в Мадриде прозвучало несколько взрывов, позже террористические акты были совершены в Валенсии и Барселоне. Взрывные устройства были приведены в действие и в окрестностях летней резиденции генералиссимуса Франко. После этого начались массовые аресты активистов испанских анархистских организаций. Однако в конце мая 1962 г. на очередном заседании «Внутренней защиты» было решено еще более активно проводить вооруженные вылазки против правительственных войск и полиции.
11 августа 1964 г. по обвинению в соучастии в подготовке покушения на жизнь Франсиско Франко в Мадриде был арестован шотландский анархист Стюарт Кристи. Его приговорили к двадцати годам тюремного заключения. Другой анархист, Карбальо Бланко, получил 30 лет тюрьмы. Однако поскольку Стюарт Кристи был иностранным гражданином, в его защиту начался сбор подписей во многих странах Европы. Среди выступивших с требованием освобождения шотландского анархиста были такие мировые знаменитости как Бертран Рассел и Жан Поль Сартр. В конце концов, 21 сентября 1967 г., спустя всего лишь три года после судебного приговора, Стюарт Кристи был освобожден. Но к этому времени «Внутренняя защита» фактически прекратила свое существование по причине усиления политических репрессий и отсутствия должной поддержки со стороны большинства испанского анархистского движения — анархо-синдикалистов, ориентированных на массовую работу среди трудящихся.