Научный дайджест: 16-22 ноября

1.   «Высокие уровни циркулирующих SDF-1 и MCP-1 и генетические варианты в CXCL12, CCL2 и CCR5: прогностический признак статуса восстановления иммунитета при лечении ВИЧ-инфицированных пациентов»

Журнал: EBioMedicine IF 5.736, Q1

Ссылка: https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2020.103077

Лежащие в основе механизмы неполного восстановления иммунитета у леченных ВИЧ-инфицированных пациентов очень сложны и могут быть многофакторными, но нарушение секреции хемокинов может играть ключевую роль в обновлении CD4 + Т-клеток. В данной работе авторы оценили исходные и 48-недельные концентрации SDF-1 / CXCL12, фракталкина / CX3CL1, MCP-1 / CCL2, MIP-α / CCL3, MIP-β / CCL4 и RANTES / CCL5 в кровотоке, оценили их связь с CXCL12, CX3CR1, CCR2, CCL5 и CCR5 однонуклеотидными полиморфизмами (SNP) для исследования множественных сигнатур хемокин-хемокиновых рецепторов, связанных с иммунной дисрегуляцией, предшествующей плохому иммунному восстановлению. Было показано, что  циркулирующие концентрации и паттерны экспрессии генов SDF-1/CXCL12 (CXCL12 rs1801157) и MCP-1 / CCL2 (CCR2 rs1799864_814) были связаны со статусом восстановления иммунитета. CCR2 rs1799864_814 и CCR5 rs333_814 (Δ32) определяют исходные концентрации RANTES и MIP-α в плазме соответственно у участников с плохим иммунным ответом. Авторы предполагают, что SDF-1/CXCL12 и MCP-1/CCL2 могут рассматриваться как прогностические маркеры иммунной недостаточности, несмотря на подавляющую антиретровирусную терапию. Сильное неравновесие по сцеплению между CCR2 rs1799864_814 и CCR5 rs1800024 указывает на то, что аллели каждого гена наследуются вместе чаще, чем можно было бы ожидать случайно.

2.   «Влияние полиморфизма TLR7 на чувствительность и прогрессирование инфекции ВИЧ-1 в популяции китайских МСМ»

Журнал: Frontiers in Immunology (IF = 6.429, Q1)

Ссылка: https://doi.org/ 10.3389/fimmu.2020.589010

Toll-like рецептор (TLR) 7 играет ключевую роль во врожденном и адаптивном иммунитете к инфекции ВИЧ. Авторы оценили влияние полиморфизма TLR7 на восприимчивость к заболеванию и прогрессирование инфекции ВИЧ-1 у китайских МСМ (мужчин, практикующих секс с мужчинами). Образцы крови были взяты у 270 пациентов с лабораторно подтвержденной ВИЧ-инфекцией, и 196 мужчин контрольной группы. Три интронных полиморфизма TLR7 (rs179010-C>T, rs2074109-T>C, rs179009-A>G) анализировали с помощью секвенирования на основе ПЦР. Частота аллеля TLR7 rs179010 T была значительно ниже у пациентов с МСМ, чем в контроле (P = 0,039). Гаплотип ТТА был связан со сниженной чувствительностью к инфекции ВИЧ-1 (P = 0,013), особенно к острой инфекции ВИЧ-1 (P = 0,002), но не к хронической инфекции ВИЧ-1. Кроме того, гаплотип ТТА связан с медленным прогрессированием заболевания у пациентов с острым течением (P = 0,002) и более низкой вирусной нагрузкой (P = 0,042). Напротив, аллель A rs179009 TLR7 ассоциирован с быстрым прогрессированием  у пациентов с острой формой, а частота минорного аллеля G rs179009 была значимо выше у пациентов с хронической формой ВИЧ. Эти данные подтверждают роль генетических вариаций TLR7 в чувствительности и прогрессировании инфекции ВИЧ в китайской популяции и требуют дальнейших исследований влияния полиморфизмов TLR7 на течение  инфекции ВИЧ в различных популяциях.

3.    «Ассоциация генетических полиморфизмов и цирроза печени, вызванного вирусом гепатита С, в Японии

Журнал: In Vivo (IF = 1.541, Q2)

Ссылка: https://doi.org/ 10.21873/invivo.12169

Инфекция, вызванная вирусом гепатита С (ВГС), является важной проблемой для здоровья в эпоху противовирусных препаратов прямого действия. ВГС вызывает опасные для жизни заболевания, такие как цирроз и гепатоцеллюлярную карциному. Цель работы состояла в том, чтобы изучить, связаны ли определенные однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) с распространенностью инфекций ВГС, прогрессирующих до цирроза, в популяции Японии с помощью подхода, основанного на исследовании полногеномных ассоциаций. Авторы использовали ДНК, выделенную из образцов крови японских испытуемых, при создании проекта BioBank Japan. Были получены статистически значимые различия в частоте 4 SNP (rs1989972, rs2293766, rs1877033 и rs4805439) между анти-ВГС-положительными пациентами с циррозом печени и контрольной группой. Полученные результаты демонстрируют наличие четырех SNP связанных с предрасположенностью к циррозу, при инфекции гепатита С. Авторы подчеркивают необходимость дальнейших исследований с другими национальными когортами

4.   «Ассоциация полиморфизмов rs7041 и rs4588 гена витамин D-связывающего белка при туберкулезе легких»

Журнал: Meta Gene (IF = 0.888, Q4)

Ссылка: https://doi.org/10.1016/j.mgene.2020.100822

Дефицит витамина D часто связан с предрасположенностью к туберкулезу. В литературе есть данные, что варианты гена белка, связывающего витамин D, связаны с концентрацией 25(OH) D в крови. Целью настоящего исследования было оценить связь полиморфизмов rs7041 (G/T) и rs4588 (C/A) с чувствительностью к туберкулезу у 125 здоровых субъектов и 125 пациентов с туберкулезом легких, а также понять, насколько данные варианты гена имеют какое-либо влияние на уровни 25(OH) D у населения Южной Индии. Генотипирование обоих полиморфизмов было выполнено с помощью полимеразной цепной реакции. Уровни 25(OH) D оценивали методом ELISA. Результаты показали, что в доминантной модели генотип rs4588 CA значимо связан с чувствительностью к туберкулезу [OR: 1,47 (0,85–2,55); p = 0,049] и связан с дефицитом 25(OH) D у 47,4% у пациентов с туберкулезом легких. При этом в рецессивной модели (AA против CC+CA) генотип rs4588 AA значимо связан с защитой от туберкулеза [OR: 0,14 (0,02–1,29); р = 0,042]. В то время как в полиморфизме rs7041 в рамках модели сверхдоминантности (TG против GG+TT) не было обнаружено никакой связи. Ассоциация повышенных уровней 25(OH) D была обнаружена с генотипами rs7041 GG и rs4588 CC у здоровых доноров и больных туберкулезом. Результаты предполагают, что гетерозиготный генотип rs4588 CA значимо ассоциирован с чувствительностью к туберкулезу, тогда как генотип rs4588 AA значимо связан с защитой от туберкулеза. Варианты генов с дефицитом 25(OH) D не выявили значимой связи из-за ограниченного размера выборки. Однако генотипы rs7041 TG и rs4588 CA были связаны с 61,1% и 47,4% дефицитом 25 (OH) D (OR> 2,0) у пациентов с туберкулезом легких. Для подтверждения этого вывода необходимы дальнейшие исследования с большим размером выборки.

5.   «Ассоциация полиморфизмов генов IL-4 и IL-6 с туберкулезом легких»

Журнал: European Journal of Molecular and Clinical Medicine IF 0

Ссылка: https://doi.org/  10.31838/ejmcm.07.02.11

Целью исследования «случай-контроль» было оценить влияние полиморфизма генов IL-4 и IL-6 на предрасположенность к туберкулезу легких (ТЛ) у пациентов в провинции Вавилон, а также измерить сывороточный уровень этих цитокинов в сыворотках исследуемой группы. Связь генотипа rs2243250 (C/C, C/T, T/T) была значимой (P <0,05) с (46,7, 38,3, 15)% соответственно для случаев ТЛ и (36,7, 26,6, 36,7)% соответственно для группы  контроля. Частота аллелей IL-4 (rs2243250)  также значимо отличалась у пациентов ТЛ и контроля (P <0,05): аллель C представляет аллель риска для пациентов с ТЛ ( OR 1,93, 95% CI 1,15-3,24), в то время как aллель Т представляет собой протективный аллель контрольной группы (OR 0,52, CI 0,31-0,87). Связь генотипа rs1800796 (C/C, G/C, G/G) была значимой (P <0,05) с (43,3, 38,3, 18,4)% для пациентов ТЛ и (50, 15, 35)% соответственно для контрольной. группы, тогда как разница в частоте встречаемости аллеля для пациентов и контроля IL-6 (rs1800796) была незначительной с (P> 0,05). Наблюдалась значительная разница в среднем уровне концентрации как IL-4, так и IL-6 в сыворотке между пациентами с ТЛ и контрольной группой (P <0,01). Также наблюдалось незначительное влияние полиморфизма генов IL-4 (rs2243250) и IL-6 (rs1800796) на разницу сывороточных уровней как IL-4, так и IL-6 соответственно в исследуемых группах (P> 0,05).