Научный дайджест: 20-26 июля

Насколько велики генные сети сложных жизнеугрожающих состояний, ассоциированных с нарушениями работы иммунной системы?

«Эпигенетические биомаркеры при сепсисе и септическом шоке у человека: новое в понимании механизмов иммуносупрессии»

Ссылка: https://doi.org/10.2217/epi-2019-0329

Журнал: Epigenomics (IF= 4.979, Q1)

Этот обзор очень интересен тем, что он с разных сторон показывает то, каким образом осуществляются и регулируются поломки функционирования иммунной системы при жизнеугрожающих состояниях и как долго потом происходит восстановление организма. Сепсис - это крайне опасное для жизни состояние. Пережившие сепсис пациенты иногда страдают от иммуносупрессии, увеличивающей риск неблагоприятных клинических исходов вплоть до летальности. При этом, не существует «золотого стандарта» для определения иммуносупрессии, за исключением комбинированной клинической конечной точки. Поскольку иммунная система подвержена эпигенетическим изменениям во время и после сепсиса, исследование, направленное на выявление новых биомаркеров для выявления септических больных с иммунопарализом, может предложить новые эпигенетические стратегии для прогнозирования краткосрочных и долгосрочных патологических событий, связанных с этим опасным для жизни состоянием. В этом обзоре очень подробно и глубоко описаны наиболее важные эпигенетические механизмы, лежащие в основе изменений врожденных и адаптивных иммунных реакций, описанных при сепсисе и септическом шоке, и их последствия для состояний иммуносупрессии, в которых представлены несколько кандидатов на то, чтобы стать эпигенетическими биомаркерами (14 отдельных генов и множество способов контроля их экспрессии), которые могут улучшить регуляцию реакций, связанных с сепсисом, и помочь в прогнозировании иммуносупрессии у постсептических пациентов.

Как проверяются разные типы наследования генетических рисков?

«Генетические полиморфизмы в гене ингибитора сериновой протеазы Kazal-типа 5 и риск атопического дерматита: мета-анализ»

Ссылка: https://doi.org/10.1097/MD.0000000000021256

Журнал: Medicine (IF= 2.133, Q2)

Это исследование интересно тем, что демонстрирует алгоритмы выявления доминантного, рецессивного и иных вариантов наследования признаков и то, как их значимости проверяется в крупных исследованиях. Целью было изучение роли полиморфизмов гена ингибитора сериновой протеазы Kazal-типа 5 (SPINK5) (Asn368Ser, Asp386Asn и Glu420Lys) и риска атопического дерматита. 6 исследований соответствовали критериям включения для мета-анализа. Существенные статистические различия были рассчитаны между пациентами с атопическим дерматитом и здоровыми людьми по полиморфизму Asn368Ser в нескольких моделях, в том числе аллельной модели и модель доминантности, но не в модели рецессивности. Авторы делают вывод, что полиморфизм SPINK5 Asn368Ser может быть фактором риска развития атопического дерматита.

Связаны ли склонность к развитию инфекционного гастрита с полиморфизмами генов цитокинов и уровнями экспрессии медиаторов?

«Гетерозиготные полиморфизмы интерлейкина-8 (-251 T / A и +781 C / T) увеличивают риск гастрита, вызванного Helicobacter pylori-инфекцией, у детей: исследование "случай-контроль"»

Ссылка: https://doi.org/10.17392/1160-20

Журнал: Medicinski Glasnik (IF= 0.780, Q3)

Необычность данного исследования в том, что оно проведено на детской когорте. Особенности иммунной регуляции являются важными факторами, определяющими особенности и тяжесть течения хеликобактерной инфекции. Целью исследования было изучить влияние полиморфизмов интерлейкина-8 (IL-8) -251 T / A и +781 C / T на риск развития гастрита, ассоциированного с инфекцией Helicobacter pylori, у детей, а также на уровень IL-8 у детей с или без такого. В этом проспективном клиническом исследовании «случай-контроль» приняли участие 64 ребенка в возрасте от 2 до 18 лет. Группу заболевания (32 пациента с гастритом с H. pylori-инфекцией) сравнивали с контрольной группой (32 пациента с гастритом без H. pylori). Воздействие табака (по данным анкетирования) было связано с повышенным риском гастрита, вызванного H. pylori, в 3,4 раза. Группа пациентов с полиморфизмом IL-8-251 AT имела более высокий риск по сравнению с полиморфизмом TT в 8,7 раза, а с полиморфизмом IL-8 +781 CT имела более высокий риск по сравнению с полиморфизмом CC в 10,7 раза. Таким образом, дети с H. pylori-инфекционным гастритом имеют более высокую продукцию IL-8, при этом риск развития гастрита, ассоциированного с H. pylori, значительно выше при гетерозиготном AT-251 и +781 CT.

Являются ли вирусы сами по себе эпигенетическими регуляторами для иммунной системы, или только промежуточным звеном в реализации генетически заложенных рисков?

«Систематический анализ множественных наборов данных базы GEO генной экспрессии выявил гиперактивацию иммунного ответа при острой печеночной недостаточности, связанной с вирусом гепатита В»

Ссылка: https://doi.org/10.1111/jcmm.15561

Журнал: Journal of Cellular and Molecular Medicine (IF= 4.658, Q1-Q2)

Острая печеночная недостаточность (ОПН), вызванная вирусом гепатита B (ВГБ), является распространенным типом печеночной недостаточности в мире с высоким уровнем заболеваемости и смертности. Тем не менее, распространенность, генетический фон и факторы, определяющие развитие заболевания, изучаются редко. В этом исследовании авторы исследовали три набора данных Omnibus Generation Omnibus (GEO) с помощью биоинформатического анализа, чтобы идентифицировать дифференциально экспрессируемые гены, ключевые биологические процессы и пути. GEO является общедоступным хранилищем данных функциональной геномики, со встроенными инструментами для оценки экспрессии и регуляции множества генов. Было показано, что для  ОПН, вызванной ВГБ, характерен высокий уровень инфильтрации иммунных клеток в клинических образцах. При этом, 1277 генов в целом подвергались ко-регуляции, и что 1082 гена подвергались ко-регуляции в 3 разных наборах данных. Для связанных с воспалением пути было характерно очень высокое количество совместно регулируемых генов, как и для синтетических метаболических путей. Проведенный на базе GEO анализ выявил ключевой модуль генов иммунной реакции воспаления, и идентифицировал 10 генов-концентраторов, дифференциально экспрессируемых в независимом наборе данных. Авторы идентифицировали механизмы, реализующие гиперреактивность иммунного воспалительного ответа, как иммуноуправляемый механизм эпигенетической регуляции при ОПН, вызванной ВГБ.