Научный дайджест: 21-27 июня

1.    «Генетические основы эмоционального темперамента: пилотное исследование GWAS идентифицирует новый, значимый для всего генома SNP тревожного темперамента в гене ADGRB3»

Журнал: Translational Psychiatry (IF=5.182, Q1)

Ссылка: https://doi.org/10.1038/s41398-021-01436-1

Хотя недавно исследования GWAS идентифицировали важные локусы при депрессии, однако гетерогенность депрессивного фенотипа затрудняет клиническое применение результатов данных исследований. В данной работе был проведен пилотный GWAS с углубленным фенотипированием аффективных темпераментов, рассматриваемых как субклинические проявления и состояния высокого риска аффективных расстройств, в общей выборке населения европейского происхождения. Был идентифицирован специфический для тревожного темперамента 1 значимый и 21 предположительно значимый SNP в гене ADGRB3, который экспрессируется в  тканях мозга. Несколько других релевантных для мозга SNP и генов оказались значимыми для других темпераментов. Проведенный функциональный анализ, отражающий влияние на экспрессию генов и участие во взаимодействиях хроматина, также указал на несколько генов, экспрессируемых в головном мозге, с потенциально релевантными фенотипами, регулируемыми нашими главными SNP. Полученные результаты должны быть проверены в более крупных исследованиях GWAS и анализах генов-кандидатов в хорошо фенотипированных образцах в отношении аффективных расстройств и связанных фенотипов.

2.    «Полногеномное исследование сцепления, метаанализ мужской сексуальной ориентации»

Журнал: Archives of Sexual Behavior (IF=3.458, Q1)

Ссылка: https://doi.org/10.1007/s10508-021-02035-3

Мужская сексуальная ориентация — это важная с научной и социальной точек зрения черта, на которую, как показали исследования семей и близнецов, влияют факторы окружающей среды и комплексные генетические факторы. Анализ был проведен в двух базах данных, включающих в общей сложности 564 конкордантных пар братьев и сестер. Было обнаружено сильное сцепление в перицентромерной хромосоме 8 и хромосоме Xq28. Других значимых ассцоиаций не выявлено. Хотя все больше данных подчеркивает генетический вклад в мужскую сексуальную ориентацию, однако точных результатов локусов ассоциации на данный момент не обнаружено, что связано со сложностью изучаемого признака. Дальнейшее расширение генетических знаний о мужской сексуальной ориентации, особенно с помощью больших GWAS, должно помочь в понимании биологии этой важной черты  

3.    «Полногеномное исследование ассоциации эпилепсии в популяции Японии выявило ассоциированную область на хромосоме 12q24»

Журнал: Epilepsia (IF=6.04, Q1)

Ссылка: https://doi.org/10.1111/epi.16911

Хотя исследования GWAS выявили несколько локусов предрасположенности, однако необходимо учитывать роль этнических маркеров. Авторы изучали генетические ассоциации с эпилепсией в популяции Японии. В исследование включены 1825 пациентов с различными эпилепсиями и 7975 человек из контрольной группы. Была определена новая область размером ~2Mb (rs149212747) на хромосоме 12q24 как фактор риска эпилепсии. Большинство этих локусов были полиморфными в популяциях Восточной Азии, включая японцев, но мономорфными в европейском населении. Эта область содержит 24 транскрипта, включая гены, экспрессируемые в головном мозге, такие как CUX2, ATXN2, BRAP, ALDH2, ERP29, TRAFD1, HECTD4, RPL6, PTPN11 и RPH3A. Анализ локуса экспрессии количественных признаков (eQTL) показал, что ассоциированные SNP также коррелируют с дифференциальной экспрессией генов в 12q24.

Полученные результаты подтвердили популяционные особенности генетического профиля эпилепсии, что еще раз подчеркивает необходимость учитывать расу пациентов при генетическом тестировании.  

4.    «Генные тесты из набора данных общегеномного исследования ассоциации выявляют новые гены риска рассеянного склероза»

Журнал: Frontiers in Neuroscience (IF=3.707, Q1)

Ссылка: https://doi.org/10.3389/fnins.2021.614528

Рассеянный склероз (РС) — аутоиммунное заболевание, на которое влияют генетические факторы и факторы окружающей среды. За последние годы проведено много исследований, которые демонстрировали вклад генетических факторов в РС с помощью крупномасштабных наборов данных по общегеномному исследованию ассоциаций (GWAS). Однако данные о генетических вариантах, идентифицированных на сегодняшний день, не объясняют полностью генетические риски при РС. Это исследование выдвинуло гипотезу о том, что новые гены риска РС могут быть идентифицированы путем анализа набора данных MS-GWAS с использованием тестов на основе генов. Авторы проанализировали набор данных, состоящий из 9 772 случаев РС и 17 376 здоровых людей европейского происхождения. Были выполнены генные тесты 464 357 аутосомных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) с использованием двух методов (PLINK и VEGAS2) и в итоге было идентифицировано 28 общих генов. Полученные данные показывают актуальность нового подхода к анализу генов, и предоставили новую информацию о наследственных характеристиках РС, как об основе для дальнейших исследований.  

5.    «Семейное общегеномное ассоциативное исследование расстройства аутистического спектра в семьях Ближнего Востока»

Журнал: Genes (IF=2.984, Q2)

Ссылка: https://10.3390/genes12050761

Расстройство аутистического спектра (РАС) — это группа заболеваний, связанных с развитием нервной системы, характеризующееся отклонениями в речи и социальном общении со значительной клинической неоднородностью. Генетические факторы играют важную роль в РАС, и их наследуемость оценивается в 70-80%. Исследования GWAS выявили несколько локусов, связанных с РАС. Однако большинство исследований проводилось на европейских популяциях, и мало что известно о генетической архитектуре РАС в популяциях Ближнего Востока. Авторы провели первый GWAS у ближневосточного населения Катара, с анализом 171 семьи. Обнаружены 7 локусов, SNP которых связаны с РАС, и хотя общегеномная значимость не была достигнута, они расположены внутри или рядом с генами, у которых показаны ассоциация с РАС (GORASP2, GABBR2, ANKS6, THSD4, ERCC6L, ARHGEF6 и HDAC8). Полученные результаты требуют дальнейших функциональных исследований и репликации для более глубокого понимания генетической архитектуры РАС.  

6.    «Полногеномное профилирование метилирования ДНК при неалкогольной жировой болезни печени выявляет прогнозируемое аберрантное метилирование в промоторах PRKCE и SEC14L3»

Журнал: Digestive and Liver Disease (IF=3.570, Q2)

Ссылка: https://10.1016/j.dld.2021.05.013

Остро актуально стоит вопрос о разработке оптимальных неинвазивных биомаркеров для диагностики и лечения неалкогольной жировой болезни печени (НАЖБП). Авторы решили оценить перспективность анализа метилирования ДНК, в качестве биомаркера НАЖБП, с оценкой дифференциально метилированных сайтов CpG в лейкоцитах периферической крови. В результате обнаружено гипометилирование 2 участков гена PRKCE у пациентов с НАЖБП и корреляция метилирования SEC14L3. А также 2 участка в генах PRKCE и SEC14L3, которые коррелировали с индексом массы тела, окружностью талии, общим триглицеридом, холестерином липопротеинов высокой плотности, аланинаминотрансферазой и аспартатаминотрансферазой. Все отобранные наборы данных показали высокие уровни экспрессии PRKCE и SEC14L3 у пациентов с НАЖБП. Полученные результаты позволяют предположить, что гипометилирование промоторов PRKCE и SEC14L3 представляет собой потенциальные биомаркеры для НАЖБП.  

7.    «Полногеномный анализ ассоциации при дилатационной кардиомиопатии выявил двух новых участников систолической сердечной недостаточности на хромосомах 3p25.1 и 22q11.23»

Журнал: European heart journal (IF=22.683, Q1)

Ссылка: https://10.1093/eurheartj/ehab030

Основная цель исследования определение генетических характеристик дилатационной кардиомиопатии (ДКМП), ведущей причины систолической сердечной недостаточности. Анализ GWAS был проведен на данных 2719 случаях ДКМП и 4440 контрольных субъектов. Были идентифицированы и реплицированы два новых ДКМП-ассоциированных локуса на хромосоме 3p25.1 [rs62232870] и хромосоме 22q11.23 (rs7284877), и подтверждены два ранее идентифицированных локуса (BAG3 и HSPB7). Оценка генетического риска, построенная на основе 4 аллелей выявила 3-кратное увеличение риска ДКМП для лиц с 8 аллелями риска по сравнению с людьми с 5 аллелями риска. Анализы in silico и функционального 4C-секвенирования кардиомиоцитов идентифицирали ген SLC6A6 как наиболее вероятный ген ДКМП в локусе 3p25.1. Этот ген кодирует транспортер таурина, участие которого в дисфункции миокарда и ДКМП подтверждается многочисленными наблюдениями на людях и животных. В локусе 22q11.23 аннотации in silico, интеллектуальный анализ данных и функциональный анализ указывают на SMARCB1 как на ген-кандидат ДКМП. Полученные результаты объясняют генетическую архитектуру ДКМП и проливают свет на новые биологические пути, лежащие в основе сердечной недостаточности.