Bioinformatics
Чориев Н.Nnn!nnnn 4-Mavzu: Zamonaviy bioinformatsion ma'lumot bazalari (2)
Bu ma'ruza elementi yordamida yaratilgan o'quv moduli
Mavzuning qisqacha bayoni
4-Ma’ruza: Zamonaviy bioinformatsion ma'lumot bazalari (2)
Reja:
Bioinformatsion ma’lumot bazalari
Zamonaviy ma’lumot bazalari bian ishlash
Ma'lumotlar bazalari va dasturlar. NCBI
GenBank
Zamonaviy ma'lumotlar bazalari jadval ma'lumotlari bilan ishlashga moslashtirilgan relyatsion ma'lumotlar bazalari asosida yaratiladi, shuning uchun oson rasmiylashtiriladigan ma'lumotlar (jadval ko'rinishida taqdim etiladi) ma'lumotlar bazasiga kiritiladi. Murakkab biologik tizimlar to'g'risida ma'lumotni to'liq rasmiylashtirish deyarli mumkin emas; - Ma'lumotlar bazasi to'liq qayta tuzilishga imkon beradigan darajada moslashuvchan bo'lishi kerak, chunki dinamik ravishda to'ldiriladigan ma'lumotlar bazasining batafsil tuzilishini oldindan tuzish mumkin emas. Ushbu talab molekulyar biologiya sohasidagi bilimlarning dinamik ravishda rivojlanib borayotganligidan kelib chiqadi va uni kompyuterda ishlash uchun qulay bo'lgan har qanday oldindan ishlab chiqilgan qattiq tizimda tasvirlash juda qiyin: - chunki maxsus xalqaro ma'lumotlar bazalarida turli xil xalqaro ma'lumotlar bazalarida taqdim etilgan ma'lumotlar ma'lumotlar bazasiga birlashtirilishi kerak. formatlar, ma'lumotlar bazasi nafaqat standart multimedia formatlarini, balki bir qator maxsus formatlarni (fazoviy molekulyar tuzilmalar, kimyoviy struktura) qo'llab-quvvatlaydigan gipermedia muhitida yaratilishi kerak. e formula boshqalar) .; - ma'lumotlar bazasini ishlashi va to'ldirishi kompyuter tarmoqlari orqali o'qimagan foydalanuvchilarga (biologlar, shifokorlar) kompyuter tarmoqlari orqali osonlikcha kirishi kerak.
Ushbu xususiyatlardan foydalangan holda biz ba'zi bir ma'lumotlar bazalarini taqqoslaymiz: HEFalMP (http://sonorus.princeton.edu/hefalmp) "+" a) qidiruvlarning bir nechta turlari (garchi bu ko'pgina ma'lumotlar bazalari uchun odatiy bo'lsa); b) genlarning grafik funktsional aloqalarini quradi; c) qidiruv parametrlarini o'rnatishning qulay va oson usuli; "-" bu natijalarni chiqarish uchun noqulay format. GAD (Genetik assotsiatsiya ma'lumotlar bazasi) (http://geneticassociationdb.nih.gov) "+" a) so'rov bo'yicha batafsil ma'lumotni ko'rsatish (ba'zan hatto ortiqcha); b) boshqa ma'lumotlar bazalariga qaraganda (20 kasallik kasalliklari) juda katta ro'yxatdagi kasalliklar sinfini tanlash imkoniyati; v) namunaning hajmi va kelib chiqishi hisobga olingan holda; d) natija = matnli tavsif + faol havolalarga ega jadval; e) atrof-muhit omillarining ta'sirini hisobga olish (boshqa hech qanday ma'lumotlar bazasida mavjud emas); "-" oddiy qidiruvda faqat bitta "kalit so'zlar" so'rov formati mavjud (ma'lumotlar bazasidan foydalanuvchi shifokorlar uchun bu "+" bo'lishi mumkin).
Genbankda turli organizm DNK va RNk ning ketma-ketligi mavjud.
Ma'lumotlar bazalari va dasturlar. NCBI
NCBI tarkibida kompyuter fanlari, molekulyar biologlar, matematiklar, biokimyogarlar, tadqiqotchilar va tarkibiy biologlardan hisoblangan molekulyar biologiyada asosiy va amaliy tadqiqotlar bilan shug'ullanadigan ko'p tarmoqli tadqiqot guruhi mavjud. Ushbu tergovchi nafaqat fundamental fanga muhim hissa qo'shibgina qolmay, balki amaliy tadqiqotlar uchun yangi usullarni yaratishda ham xizmat qiladi. Ular birgalikda matematik va hisoblash usullaridan foydalangan holda molekulyar darajada fundamental biomedikal muammolarni o'rganmoqdalar. Ushbu muammolarga genlarni tashkil etish, ketma-ketlik tahlili va tuzilmani bashorat qilish kiradi. Amaldagi tadqiqot loyihalarini saralash quyidagilarni o'z ichiga oladi: genlarni aniqlash va tahlil qilish, takroriy ketma-ketlik, oqsil sohalari va tarkibiy elementlar, inson genomining gen xaritasini yaratish, OIV infektsiyasining kinetikasini matematik modellashtirish, sekvensiya xatolarining ta'sirini tahlil qilish. ma'lumotlar bazasini qidirish, ma'lumotlar bazasini izlash va yangi ketma-ketlikni hizalanish uchun yangi algoritmlarni ishlab chiqish, keraksiz ketma-ketliksiz ma'lu