Может ли у ПО быть сразу несколько баз данных?

Может и даже разного типа. Но в простых случаях делать это стоит только когда всё упрется в предел производительности. Начиная с миллиардов записей у одной даже хорошо оптимизированной БД на одной hardware дисковой подсистеме уже могут начаться проблемы с performance, поэтому компания может принять решение разнести одну базу на несколько баз на разных серверах, но вместе с этим появляются вопросы к сетевому аспекту этого решения (задержки и т.п.). Помимо производительности, разделение на несколько БД может быть в угоду безопасности.