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随着庄园制下农业技术的不断提高和社会分工的发展，在庄园领主的居住地、交通便利的市场和在地领主的居住地，聚集了许多商人和手工业者，开始形成了城市，这些城市由商人自治的治理，这就是日本中世的自治城市。
胁田晴子认为，日本历史上的自治城市，主要出现在14世纪的南北朝时期。这些自治城市都是由各町的町民来管理的，以“地下请”的成立为标志，以地价的缴纳和行政权、裁判权的共同体委任为主要内容。代表性的城市有摄津的平野、筑前的博多、伊势的桑名等。其中位于濑户内海航路终点的堺是自治城市的典型。它不仅出现了由门阀商人组成的议会，而且还拥有自己的武装。在昭和初年刊行的《堺市史》中记载，他们即便在织田信长课税时，也以强硬的态度加以拒绝。堺市在其周围挖了很深的沟渠以自卫，在战国时代成了一个安全的避难所，“宛然一个独立的国家。”所以有学者说“日本甚至还有过近代自由城市共和制联盟的萌芽”。这反映了日本中世自治城市的发达。
但是应该指出的是，日本的自治城市为数极少，而且水平低，只有部分人享有自治权，这是日本中世自治城市的弱点。到了丰臣秀吉时代由于加强了对城市的统制，使得中世的自治城市很快衰落下去。因此日本虽然一度出现了类似西欧的自治城市，但是从水平和后来的发展趋势来看，又和西欧存在着一定的差别，以至于后来走向了消亡。对于为什么日本会产生自治城市，许多学者认为是历史上的分权状态导致了自治城市的形成。
村落共同体的自治是日本中世自治传统产生的又一表现。早在镰仓时代，由于国司的腐败，就出现了农民协同斗争的形态。随着全国的庄园化，下层百姓地位的上升，到了十二三世纪，自治的村落形成。到了室町期，村落中进一步形成了誓约、共同负担、地区的共同祭祀，反映了中世村落自治开始出现。随着农村农民团结的加强，形成了农民在发生重大事件就来到中心神社处集会的传统，成为同封建主进行斗争的最主要方式。与此同时，还出现了农民团结起来拒绝领主代官进入庄园，规定向领主交纳年贡由集体承担，这被称为地下请和百姓请。这种在斗争中自发形成的农村结合的组织被称作惣，而有惣的村被称为惣村。这种惣村主要由名主来把持，被称为初步带有农民自治色彩的组织。惣在其发展过程中，除了肩负组织农民向领主做斗争的任务外，还掌握了处理用水和入会地等农村日常生活中经常需要解决的问题的权利。15世纪以来甚至出现了利用一条河水，生活在一个盆地或需要共同利用入会地的几个乃至十几个自然村的惣的联合组织，这种联合组织往往超越郡的界限。惣村主要是在近畿地方，尤其是在近江、山城、奈良等农业发达的地区形成较快，而在关东、东北、九州等地区形成很慢。而且，有研究发现，在中世的村落中已经出现了“寄合”。“在寄合里，严格要求成员的全员参加”，是町村合议的重要机关。这种合议机关到近世乃至近代一直保留下来。
不过，日本这种村落自治的发达，也存在着弱点，即这种统治还是家父长制的，没有同血缘的结合分离出来，甚至有的地方就是一种同族的结合。
中世的自治城市和自治村落，集体的斗争是重要内容之一，特别是在室町后期发生了很多著名的事件。但是在日本历史研究界，对于这些斗争也存在着不同的认识。如历史上有名的山城国一揆，有人认为是地方自治，但也有人主张是“在地领主反对守护的斗争”。但是无论哪一种观点，都没有反对这是“同中央的统治势力对抗的一种自治形态”。
十五六世纪以后，战国大名领国制形成，惣村、惣町等为了地区的利益和大名展开对抗，从而加强了自治的基础。但是到了丰臣秀吉时代，加强了对城市自治权的压抑和剥夺，确立了领主对城市的所有权，町丧失了自我管理的功能。另外，在农村开始进行了太閤检地，为了收取年贡的需要，把中世的乡分割成小村，中世以来的“村惣中”也开始解体。
中世的城市自治和村落自治是在日本中央集权最弱的时代，即室町和战国时代形成的，它的出现，对于日本的历史有着深远的影响。
幕藩体制下的大城市失去了自治权，但是在后来形成的城下町，仍然由町众进行自治的治理，由町寄合进行自治的运营，町内也由五人组处理自治事务。
在农村，中世的乡、庄解体后，领主将作为生活单位的小地区集团切割为“村”，作为他的统治和年贡收取单位，近世的村就是这样形成的。这种领主确定一个村的土地、农民和收获量，以自立的小农为基础以村为单位的地租榨取制，称为村请制。不仅如此，村同时也是领主对农民进行统治的基本单位。各村都设有名主(也称庄屋，就是村长)、组头(也称年寄，名主的辅助者)、百姓代(村民的代表，对名主进行监督)，称作村方三役，作为领主统治的末端机构，负责命令的传达、年贡征收、劝农、土木事业和治安维持等。所有的农民都被编成五人组，在法律和交纳贡租上负有连带责任。此外，领主还通过“宗门人别帐”对各个家单位进行把握。这样，通过村役人(官吏)一五人组一家长—家族员的系列，领主实现了对村的统治。
但是近世的村落不仅仅是领主统治的行政单位，同时它也是生产和生活的单位，是具有很强自治功能的村落共同体。生产上的作业，如插秧、耕田、防治病虫害、脱谷等都是以村落为单位进行共同劳动来实现的，而在日常的生活方面，祭礼、婚礼、葬仪等都是靠村民的互相协助共同进行的。
近世的村落共同体具有很强的自治功能。中世以来村落的寄合仍然保留下来并有所发展。近世的寄合可以说是村中所有户的户主联合会，基本上是由本百姓(年贡负担者)一户一人组成，但不承认水吞百姓(不负担年贡者)的参加。所协议的事情除了最主要的年贡分配外，村役人的选出、村预算的决定、冠婚葬礼和祭礼等都是最重要的议题，村内的诉讼和犯罪的取缔等关乎农民生活的问题也都包括在内。最有趣的是在寄合里讨论问题时，实行的既不是权威者相题专令，他不是近代的多数议决制，而是全员认可制。一个同题，必须得到所有成员的同意，才能付诸实施，只要有一个人不同意，也绝不执行。在第一回寄合上未取得一致的问题必须经过两次、三次的协议，达到全员同意才可以上升为整个共同体的意思。各村的村方三役，基本是由村落共同体选出来的，他们作为领主统治的末端机构的同时，更是村民的代表，村落自治运营的主持者，因此“在一定的条件下，有可能作为全体村民利害的代表者同领主进行对抗”，是同时具有两种功能的“复杂微妙的存在”。
在村中还有共同的“村规约”即村法。前田正治认为，近世的村法是自治规范的同时，也是领主法，有一个不断领主法化的过程。表明近世日本的村落共同体是“自治自卫组织”的同时，也是“领主强制体系基础的一个环节”。
当然，关于日本近世的村，大体上分成两种意见:一种认为，日本近世的村有很强的自治功能，这种观点的代表人物是水本邦彦;而另一种观点则认为主要是领主的下层组织，这种观点的代表人物是佐佐木润之介。二者的不同实际上最终都集中到对村请制的认识上。
尽管我们从历史上寻找到日本自治传统的痕迹，但是要过高地评价这种自治传统也是不正确的，正如辻清明指出的那样，“应该慎重地把历史事件和制度同现代地方自治观念简单地等同化。例如我们常常举例的中世城市由有力的问屋众进行町政统治，也并非是所有市民都参加，江户时代城市的各种制度，也都在幕府和领主的奉行、代官等的严格监督下，五人组也是专门为防犯、防火、征税而设，(它们)比起町民的意思表达机关，实际上主要是一种统治手段。关于村落，也有人对村方三役过高评价以论述其自治秩序，但是特定少数家格高的统治层独占三役地位，下层的小前(普通)百姓等没有充分的发言权，只不过被村社会的强制所束缚地生活。因此，即使承认村落有自治性，这也是近于分权或团体自治的性格，和今天个人单位的居民自治相差很远。”
总之，分析日本历史上的地方自治传统，可以总结出以下三个特点:一是在日本历史上的中央集权弱地方分权强的室町时代一度出现了类似于西欧社会的自治城市;二是日本的地方自治传统多是一些小范围的自治，如一个町的自治、一个村的自治或一个城市的自治，缺乏大范围的自治;三是日本的地方自治传统总体上说程度较弱。
郭冬梅《日本近代地方自治制度的形成》