1.

Токсин - ядовитое вещество (грамота.ру).

По классификации они бывают втч животного происхождения — зоотоксины. Однако, во-первых зоотоксины используются для защиты или нападения и содержится только у трех млекопитающих, судя по статье, а во-вторых, хоть человек и животное, но для всяких наименований, связанных с нами используется приставка антропо-.

Слово "токсин" в отношении веществ, вырабатываемых организмом человека, где-то используется — напр. токсины, вызывающие токсикоз беременных. Так же пишут, что токсины в человеке могут вырабатываться опухолевыми клетками. Не нашла специфичных токсинов, которые вырабатываются только в раковой клетке, обычно это те же вещества, но в большем количестве или мутировавшие. (но не исключено, что плохо искала).

Обычные вещества, которые вырабатывает здоровое тело человека - могут быть токсичными в большом количестве. Но сами эти вещества токсинами не называют.

Иногда токсинами называют все вещества, токсичные для данного организма. 

__Токсичное вещество - в-во способное вызвать отравление (грамота). токсическое вещество - отравляющее вещество (грамота).

__Из этого можно предположить, что пока вещество, которое выработал человек, находится в нормальной концентрации и на своем месте - оно не токсин. Как только оно становится для него токсичным (может вызвать отравление) - оно токсин. 

Если долго не спать, по идее, отравления мозга не будет (на первый взгляд я не нашла исследований, но могла плохо искать). Но концентрация того же тау-белка растет. А он может обрастать фосфором и в таком виде его находят при Альцгеймере (но пока не уверены насколько он сильно влияет на болезнь).

Поэтому однозначно называть токсинами, вещества, которые появляются за день при работающем мозге, я бы не стала — их мало и это часть обмена веществ. Если считать токсином все, что может нанести вред — то соль жуткий токсин. И шоколад. И кислород. 

В статье идет речь про потенциально нейротоксичные вещества. Так что лично я бы не стала их называть сразу токсинами.

p.s. Эндотоксин - бактериалный токсин (вики), поэтому с этим словом надо острожнее.

p.p.s. Кстати, по мнению того же ВОЗ природные токсины, вырабатываемые организмом, не опасны для него самого. Но как и с примером доклада про оружие - это какие-то частные случаи.