___

Эпидемиологи Роспотребнадзора внедряют методику ускоренного поиска родственных образцов вируса иммунодефицита человека . Это необходимо, чтобы как можно быстрее определить цепочку заражения и найти его источник. Процедура важна, поскольку не изучив, откуда пошло распространение ВИЧ, невозможно прервать цепочку распространения инфекции. Ученые разработали методику частичного секвенирования образцов вируса по аналогии с той, которая сейчас используется для анализа штаммов SARS-CoV-2. Мишенями специалисты сделали треть полного генома вируса иммунодефицита — те участки, которые отвечают за эффективность ретровирусной терапии.

Специалисты ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора внедряют методику ускоренного секвенирования (метод определения генетической последовательности ДНК и РНК) образцов вируса иммунодефицита человека. Речь об анализе, при котором расшифровывается не весь геном патогена, а его определенные части. Такой подход потенциально может увеличить пропускную способность лабораторий в пять раз. Это важно для проведения эпидемиологических расследований.

В случае с ВИЧ, не изучив, откуда пошло распространение заболевания, невозможно прервать цепочку заражений , сказал «Известиям» заведующий лабораторией диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ЦНИИ эпидемиологии Дмитрий Киреев.

— В ходе таких расследований мы сравниваем нуклеотидные последовательности образцов вируса друг с другом и выявляем группы пациентов, у которых они очень похожи. Если такую связь удается выявить, мы можем сказать, что эти люди образуют кластер. То есть это группа инфицированных, которые, скорее всего, эпидемиологически связаны друг с другом. А затем уже мы анализируем, кто попал в эту группу. Например, это молодые люди, которые инфицировались гомосексуальным путем. Или группа людей, у которых был опыт парентерального употребления наркотиков. После этого мы можем понять, где и в отношении кого следует проводить противоэпидемические мероприятия. Так они будут максимально эффективны, — рассказал Дмитрий Киреев .

Такой анализ может помочь не только при расследовании цепочки заражений среди групп с социально рискованным поведением . Это и случаи заражения детей в больницах или же распространение ВИЧ среди пациентов стоматологических клиник , добавил специалист.

Чтобы ускорить этот важный процесс, специалисты ЦНИИ эпидемиологии в этом году заканчивают разработку новой методики секвенирования вируса. С ее помощью можно определить общность происхождения образцов не по целому геному, а только по его трети.

Как пояснил Дмитрий Киреев , речь об участках генома, против которых направлено действие антиретровирусных препаратов. Эти области вируса иммунодефицита наиболее изучены: о них больше всего информации в российских и международных базах данных.

Сейчас одна стандартная лаборатория может секвенировать порядка 40 образцов вирусов в месяц, один анализ стоит около 20 тыс. рублей. Новый способ позволит увеличить пропускную способность более чем до 200 образцов в месяц, а себестоимость одной процедуры снизится до 5 тыс. рублей, утверждают разработчики.

Как пояснили в ЦНИИ эпидемиологии , сам анализ состоит из тех же основных этапов, что и классическое полногеномное секвенирование . Сначала сотрудники лаборатории выделяют нуклеиновую кислоту вируса из плазмы крови зараженного. Затем проводят амплификацию (увеличение числа копий) ДНК, а далее — ускоренное секвенирование. После прибор выдает информацию, которую анализируют биоинформатики. В итоге они, сравнив образец с теми, что загружены в Национальную базу данных лекарственной устойчивости ВИЧ (основная база по ВИЧ в РФ), смогут выяснить детали о происхождении этого вируса.

— Мы автоматизировали этап анализа нуклеотидных последовательностей, и он вместо нескольких суток теперь занимает полчаса , — подчеркнул Дмитрий Киреев . — То есть помимо самих реагентов у нас также есть и программное обеспечение для самого процесса анализа.

Подобный подход в молекулярной биологии используется давно — нет смысла секвенировать весь геном патогена, важен поиск изменений в самых вариабельных участках, сказал «Известиям» директор Научно-клинического центра прецизионной и регенеративной медицины при Казанском федеральном университете Альберт Ризванов.

— Вирус иммунодефицита человека, как практически все вирусы, мутирует. Например, вырабатывая устойчивость к лекарственным препаратам. И по этим мутациям можно найти пути его распространения или возникновения лекарственной устойчивости , — пояснил эксперт. — Поэтому такие технологии будут востребованы в медицине и эпидемиологии.

Новая методика может быть полезна скорее для фундаментальной науки, а не для практической медицины на потоке, уверена врач высшей квалификационной категории, кандидат медицинских наук, медицинский консультант онлайн-лаборатории Lab4U Екатерина Гергесова.

— Проблема ВИЧ-инфекции остается злободневной, и существуют успешно показавшие себя методы эпидемиологического расследования новых случаев ВИЧ, используемые центрами СПИД . Для внедрения нового перспективного метода в рутинную практику необходимо дополнительное дорогостоящее оборудование, которым пока не располагают большинство лабораторий, выявляющих ВИЧ, в связи с чем эта методика не сможет быть массово востребованной в краткосрочной перспективе, — сказала эксперт.

С помощью новой технологии на этапе отработки ученые отсеквенировали порядка 500 геномов. Сейчас они планируют запатентовать методику . Но, поскольку это сразу и программное обеспечение, и реактивы, ученые пока решают, с чего лучше начать регистрацию. Массово такая технология может быть внедрена к 2026 году , считают в ЦНИИ эпидемиологии .